Berdan Çayı’nın bazı kirlilik parametrelerinin araştırılması, su kalitesi ve havza ile etkileşim bakımından değerlendirilmesi amacıyla, çalışma Aralık 2008- Kasım 2009 tarihleri arasında 6 istasyonda gerçekleştirilmiştir. Yapılan çalışmada, incelenen su kalite parametreleri ve bunların düzeyleri; sıcaklık: 9,60-28,70 0C, pH: 7,65-8,72, çözünmüş oksijen: 5,10-13,50 mg/l, tuzluluk: 0,10-2,30 mg/g, elektriksel iletkenlik: 118-4255 µs/cm, toplam sertlik:134,90- 1010,80 mg CaCO3/l, toplam alkalinite: 126-248 mg CaCO3/l, toplam askıda katı madde:1-343 mg/l, klorofil-a: 0,27-31,71 mg/m3, kimyasal oksijen ihtiyacı: 21,20- 136,46 mg/l, nitrit azotu: 0,005-0,195 mg/l, nitrat azotu: 0,38-3,34 mg/l, amonyum azotu: 0,003-0,860 mg/l, toplam azot: 0,18-7,60 mg/l, ortofosfat: 0,0002-0,9256 mg/l, toplam fosfor: 0,02-3,89 mg/l, sedimentte ise toplam kjedahl azotu: 306- 3482,93 mg/kg ve toplam fosfor: 143,94-588,81 mg/kg aralığında değiştiği tespit edilmiştir. Sonuç olarak, su kalite kontrol yönetmeliğine (SKKY) göre, sıcaklık, pH, çözünmüş oksijen, nitrat azotu ve amonyum azotu yönünden I. sınıf; nitrit azotu ve kimyasal oksijen ihtiyacı bakımından II. sınıf ve toplam fosfor değerleri yönünden III. sınıf olarak belirlenmiştir. Kirlilik nedenleri olarak sanayi ve evsel atık suları ile havzada yoğun olarak bulunan tarımsal alanlarda, kullanılan gübrelerin yağmur suları ile yıkanarak çaya karışması olarak değerlendirilmiştir. Berdan Çayı, havzasında yer alan yerleşim yerlerinin, fabrikaların ve tarımsal alanların atık suları için iyi bir alıcı ortam oluşturmakta, dolayısıyla çayın son bulduğu Akdeniz için bir tehdit oluşturmaktadır.